Cerro Porteño anuncio oficialmente a Gabriel Wainer como nuevo gerente deportivo de la entidad azulgrana para el año 2025, en reemplazo de español Fernando.

En el 2002 fue asistente de Marcelo Bielsa en Argentina, también en el 2004 en Atenas y además de las juveniles de Argentina con José Néstor Pékerman y posterior Mundial de Alemania 2006.

Entre el 2006 y 2011 fue uno de los asistentes de Gerardo «Tata» Martino en la Albirroja y participó del Mundial de Sudáfrica 2010. Desde el 2012 hasta el 2018 volvió a trabajar con Pekerman en la selección Colombia y participó del Mundial de Brasil 2014 y 2018.

Retornó a la Albirroja en el 2019 para trabajar con Eduardo Berizzo, pero Gustavo Alfaro se lo llevó a Ecuador cuando asumió y participó del Mundial de Catar 2022 con la «Tri».